Клиниките „Майчин риск”, „Обща патологична бременност“ и „Фетална медицина”  се грижат за бременни с патология на бременността или съпътстващи заболявания, като хипертония, диабет, сърдечно-съдови заболявания, инфекциозни и други заболявания. Оценката на перинаталния риск в тези клиники, заедно с дейността на друга структура – Националната генетична лаборатория, правят „Майчин дом” почти пълен лидер не само в София, но и в страната при извършването на пренатален и антенателен скрининг на вродените и придобити аномалии на плода. Друго звено, с уникален характер за страната е Клиниката по неонатология. С базата си от 110 легла то осъществява интензивно лечение на новородени с ниско и екстремно ниско тегло.